吴孟超医学奖实行提名制，不受理自荐。符合当年度提名条件的高等院校、医疗卫生机构、科研院所、相关企业、行业或学术组织，以及相关领域专家，可以按照年度提名通知提名候选人或候选项目。

评选工作主要包括以下环节：

(1) 提名受理：提名单位或提名专家按照年度提名通知提交材料，并对材料的真实性、准确性、完整性和合法性负责。

(2) 资格审查：奖励办对提名资格、候选对象资格、材料完整性、成果权属、科研诚信、伦理合规、保密要求及重复参评限制等进行审查。

(3) 专业评审：评审委员根据候选对象所属学科和专业领域，独立审阅材料，围绕主要贡献和代表性成果作出专业判断。根据评审需要，可以采取通讯评审、会议评审、现场答辩、视频答辩等方式。

(4) 结果审定：评审委员会形成获奖人选、获奖项目及奖励等级建议，由奖励办汇总评审意见和相关记录，提交奖励委员会审定拟授奖结果。

(5) 公示及异议处理：拟授奖结果通过基金会固定公开渠道向社会公示。任何单位或个人如对候选对象资格、材料真实性、成果权属、科研诚信、伦理合规、主要贡献或评审程序存在异议，可以在公示期内向奖励办提出，并提供明确的事实依据或可核查线索。

(6) 最终授奖：拟授奖结果经公示无异议或异议处理完毕后，由奖励委员会作出最终授奖决定，并向获奖者或获奖项目颁发证书和奖金。

吴孟超医学奖坚持依法办奖、公益为本、诚实守信、公开公平公正、同行评议和宁缺毋滥，重点评价候选对象真实、具体、实质性的贡献，以及代表性成果的创新质量、临床价值、转化成效和社会影响。

论文、专利、项目、职称、学历、人才称号、行政职务、单位层级、企业规模或经济收入等，仅作为评价佐证，不作为单一或简单、直接的评价依据。评审工作严格执行回避、保密和监督制度，确保评选过程规范、独立、公正。