上海吴孟超医学科技基金会奖励管理办公室（以下简称“奖励办”）是吴孟超医学奖的日常管理和执行机构，负责奖项的组织实施和日常管理工作。

奖励办设主任一名，副主任及干事若干。现任奖励办主任为杜东先生，全面主持奖励办各项工作。

奖励办主要履行以下职能：

(1) 组建奖励和评审机构：聘请相关方面的知名专家、学者，组成吴孟超医学奖奖励委员会（以下简称“奖励委员会”）和吴孟超医学奖评审委员会（以下简称“评审委员会”），并为两委履行职责提供组织保障。

(2) 统筹年度奖励工作：拟订年度工作方案、提名通知、评审标准、评审程序及相关工作文件，按程序报奖励委员会审定。

(3) 开展提名受理与资格审查：负责提名材料的受理、形式审查和补正通知，核验提名资格、候选对象资格、材料完整性及相关合规事项。

(4) 组织评审、公示和异议处理：组织开展专业评审，汇总评审意见，组织拟授奖结果公示，受理、调查和核实有关异议，并按规定将相关事项提交奖励委员会审议。

(5) 落实授奖及日常管理工作：落实奖励委员会决议，组织公布授奖结果、颁发证书和奖金，并负责材料流转、回避保密、档案管理及咨询联络等日常工作。

奖励办为奖励委员会和评审委员会依法、独立履行职责提供组织协调和服务保障，不代替评审委员作出专业判断，不代替奖励委员会作出审定和决策。