吴孟超医学奖是‌经国家科技部批准，由上海吴孟超医学科技基金会设立和主办的‌全国性医药卫生领域奖项。

奖项源自吴孟超院士医学报国、服务人民的崇高情怀。1997年，吴孟超院士拿出个人积蓄，并汇集社会捐赠，发起设立“吴孟超肝胆外科医学基金”，用于奖励优秀医学人才、支持医学科技创新。2004年，上海吴孟超医学科技基金会正式成立，奖励事业由此进入规范化、专业化发展阶段。2006年，吴孟超院士又将国家和部队奖励的600万元全部用于医学基础研究和人才培养，为奖项奠定了公益为本、崇尚创新、奖掖人才的精神底色。

吴孟超医学奖秉承吴孟超院士“勇闯禁区、勇于创新、勇往直前、勇攀高峰”的科学精神，面向医学科技前沿和人民生命健康重大需求，致力于发现和表彰在基础研究、临床医学、医学技术创新、科技成果转化及产业化应用等方面作出创造性贡献的个人和组织，推动医学科技创新、临床进步和成果转化。

吴孟超医学奖设置以下五个子奖项：

(1) 吴孟超医学成就奖：奖励在医学科技领域取得系统性、创造性重大成就，长期致力于医学事业发展并作出卓越贡献，具有崇高学术声望和广泛社会影响的医学科技工作者。

(2) 吴孟超临床医学奖：奖励长期奋战在临床一线，在疾病预防、诊断、治疗、康复或临床技术创新等方面取得突出成就的临床医学工作者。

(3) 吴孟超医学青年奖：奖励在医学科技前沿、临床实践或成果转化等方面取得创新性成果，具有突出创新能力和良好发展潜力的青年医学科技工作者。

(4) 吴孟超医学科技产业化奖：奖励在医学科技成果工程化、产业化和规模化应用过程中作出关键性、实质性技术贡献，并产生显著社会效益、健康效益或经济效益的科技工作者。

(5) 吴孟超医学创新转化奖：奖励在医学科技创新、临床应用和成果转化方面具有重要创新价值，知识产权清晰，已经形成实际应用并产生良好效益的项目及其主要完成单位和主要完成人。

前四项为人物奖，不设奖励等级；吴孟超医学创新转化奖为项目奖，设一等奖、二等奖和优秀奖。各奖项的评审周期、授奖数量、提名条件及奖金标准，以当年度发布的提名通知和评审文件为准。